L'Etang de Beaumont, situé à Neung-sur-Beuvron et la tourbière de Ménétréol-sur-Sauldre, appartiennent et sont gérés par le Conservatoire du patrimoine naturel de la région Centre. L’étang de Malzoné à Millançay est une réserve de chasse de l’ONCFS et de la Fédération des Chasseurs du Loir-et-Cher.
La zone centrale de la Sologne des Etangs et l'étang de l'Arche à Chémery sont des Zones Importantes pour la Conservation des Oiseaux (ZICO) et font l’objet d’un classement en Zone de Protection Spéciale (ZPS), qui protège les espèces d'oiseaux menacées en Europe.
Outre un arrêté de biotope à Saint-Viâtre, deux sites sont classés en Réserve Naturelle Régionale à la Ferté-saint-Cyr (la Chesnay) et à la Ferté-Imbault (le Plessis).