Les cours d’eau confèrent une richesse supplémentaire à la Sologne en termes de biodiversité. La Sauldre, le Beuvron, le Cosson, le Barangeon et leurs affluents forment les principaux éléments du réseau hydrographique. Parmi les petits cours d'eau, citons la Rère et la Guette sur la Sologne du Cher ou encore le Néant et le Naon en Sologne centrale. Ce réseau particulièrement dense est orienté de l'est vers l'ouest, en direction du Val de Loire. La plupart de ces cours d’eau prennent leur source dans les collines calcaires du Sancerrois, ce qui influence la qualité de leurs eaux et détermine une flore différente de celle des milieux acides de pleine Sologne.
